Město v údolí Huťského potoka bylo zřejmě založeno kolem roku 1574 jako sklářská osada. První obyvatelé se zde živili těžbou dřeva, mědi, stříbra a olova. V roce 1625 nechal zdejší ložiska prozkoumat Albrecht z Valdštejna, který zároveň zlepšil životní podmínky zdejších horníků. Po Valdštejnově smrti význam dolů opět upadá. Od té doby se až do 20. století zdejší obyvatelstvo snažilo hornickou činnost obnovit, ale nikdy se jim to již nepodařilo. Od vzniku města se rozvíjí také v oblasti tradiční sklářství. I po třicetileté válce byli občané Rokytnice většinou protestantského vyznání, z čehož plynuly ne zcela úspěšné snahy o rekatolizaci. V 18. století docházelo ve městě ke vzpourám poddanstva. V tomto období byly založeny první textilní podniky. Rozvoji průmyslu napomohla také výstavba železniční trati Martinice v Krkonoších – Rokytnice nad Jizerou, která byla do provozu uvedena v roce 1899. V roce 1903 byla ve střední Rokytnici postavena nová radnice, která prošla v 70. letech rekonstrukcí. Po 2. světové válce a odsunu německy mluvících obyvatel dochází k rozvoji turistického ruchu ve městě i okolí.